ยูนูสศึกษาที่โรงเรียนประจำหมู่บ้านในวัยเด็กเด็ก เมื่อครอบครัวของเขาย้ายไปที่จิตตะกอง จึงได้เข้าศึกษาที่โรงเรียนประถมลามาบาซาร์ และชั้นมัธยม ณ โรงเรียนมัธยมจิตตะกอง เขาผ่านการสอบคัดเลือกเข้ามหาวิทยาลัยได้เป็นลำดับที่ 16 จากนักเรียนในปากีสถานตะวันออกที่เข้าสอบทั้งหมดทั้งหมด 39,000 คน ในปีพ.ศ. 2498 ต่อมา เขาเข้าศึกษาที่วิทยาลัยจิตตะกองซึ่งเขาได้เข้าร่วมกิจกรรมทางวัฒนธรรมเป็นประจำ และได้รับรางวัลจากการร่วมแสดงละครอีกด้วย

ปีพ.ศ. 2501 ยูนูสเข้าศึกษาในคณะเศรษฐศาสตร์ แห่งมหาวิทยาลัยธากา จนสำเร็จการศึกษาระดับปริญญาตรีในปี พ.ศ. 2503 และระดับปริญญาโทในปีพ.ศ. 2504 หลังจากนั้น จึงเข้าทำงานที่สำนักการเศรษฐศาสตร์ ซึ่งทำให้เขาได้ร่วมทำงานวิจัยทางเศรษฐศาสตร์กับศาสตราจารย์นูรุล อิสลาม และราห์มัน โสภาณในฐานะที่ปรึกษางานวิจัย[2] ต่อมาในปีพ.ศ. 2504 เขาก็เข้าเป็นอาจารย์บรรยายวิชาเศรษฐศาสตร์ในมหาวิทยาลัยจิตตะกง[3]. ยูนูสสำเร็จการศึกษาระดับปริญญาเอกสาขาเศรษฐศาสตร์จากมหาวิทยาลัยแวนเดอร์บิลท์ ในสหรัฐอเมริกาเมื่อปีพ.ศ. 2512 หลังจากได้รับทุนการศึกษาฟุลไบรท์ ยูนูสเป็นผู้ช่วยศาสตราจารย์สาขาเศรษฐศาสตร์อยู่ที่มหาวิทยาลัยรัฐเทนเนสซีตอนกลางตั้งแต่ปีพ.ศ. 2512 ถึง 2515 แล้วจึงย้ายกลับมายังบังคลาเทศ และเข้าร่วมมหาวิทยาลัยจิตตะกองในฐานะศาสตราจารย์วิชาเศรษฐศาสตร์